Les instances décisionnaires et de concertation de l’AFTPVA sont constituées d’élus et adhérents volontaires. La structure s’organise autour du conseil d’administration, présidé par Bernard Chapuis, de 6 membres, d’un bureau d’exécution, de 5 sections régionales et d’un groupe Adhésif. Le secrétariat est chargé de coordonner les actions.